При някои асимптоматични пациенти (с нормални стойности на TSH) не се налага терапия, при други ако има данни за хипотиреоидизъм се налага заместителна терапия с тироидни хормони. При деца с асимптоматичен хипотироидизъм (TSH нормално или леко увеличено), повишението на тироглобулиновите антитела (ТGab) и едновременното наличие на струма (увеличен обем на жлезата, доказано ехографски) е свързано с 50% вероятност от развитие на хипотироидизъм в следващите 5 години, Другата половина от децата остават еутироидни (J Pediatr. 2006 Dec)

Лекуването на субклиничния хипотироидизъм чрез хормонално заместване намаля кордиоваскуларния риск и общия метаболитен статус на организма. Кардиоваскуларния риск е зависим от нивото на TSH (J Clin Endocrinol Metab. 2007 Feb)

Лекарство на избор е оралното приложение на  Levothyroxin натрий, обикновено до живот.

Дозата се титрира, за да бъдат посрещнати индивидуалните нужди на пациента, целта на терапията е да се възстановят клинично и биохимично еутироидното състояние.

Стандартната доза левотироксин е 1.6-1.8 гами/кг/дневно, но отделните пациенти изискват различни дози.

Ефикасността на терапията се измерва чрез наблюдението нивата на TSH и Т4.

При по млади пациенти под 50 годишна възраст без анамнестични и физикални данни за сърдечно заболяване се ползва горепосочената доза левотироксин, докато при по възрастни пациенти, както и при по млади пациенти със сърдечно заболяване се ползват по ниски дози от 25 гами/дневно, с последващо измерване нивата на TSH и Т4 след 6-8 седмици и увеличаване на дозата при необходимост. При пациенти със сърдечни дисритмии може да се окаже невъзможно достигане на еутироидно състояние без да се  влоши кардиологичния им статус, поради което при тези пациенти е приемливо поддържането им в състояние на субклиничен хипотиреоидизъм.

Възрастните пациенти обикновено изискват по ниски дози левотироксин, обикновено под 1 гами/кг дневно.

Някои клиницисти ползват комбинираното приложение на liothyronine (T3) и levothyroxine, като опит да се имитира тироидната физиология. Обаче досега няма някакви установени предимства при употребата на тази комбинирана терапия в сравнение със самостоятелното приложение на Levothyroxine.

Хашимото енцефалопатията се лекува чрез краткотрайното приложение на по високи дози левотироксин.

Автоантителата срещу тироидната пероксидаза изчезват средно 6 години след началото на терапията, а тироглобулиновите антитела след около 3 години. Изчезването им се свързва с пълното разрушение на щитовидната жлеза.

Хиперкинетичното състояние в ранните стадии на тиреоидита се повлиява добре от приложението на бета блокери (Propranolol 2-4 х 25 мг/дневно).

Тиреотоксичната фаза в ранните стадии на Хашимото тиреоидита макар и много рядко може да доведе до развитие на Coombs (+) хемолитична анемия и тиреотоксична криза. При едновременното наличие на две автоимунни заболявания понякога се ползва и плазмафереза, която понижава както нивата на антителата така и на тироидните хормони.

Хирургичното лечение е показано при наличие на: (1) големи струми, (2) струми които предизвикват дисфагия, промени в гласа и стридор, (3) наличието на малигнени нодули потвърдени от тънко иглена биопсия и (4) наличие на лимфомна инфилтрация на щитовидната жлеза потвърдена от тънко иглена биопсия.

Диета: храни богати на селен влошават хипотиреоидизма.